燃 料甲醇和燃料乙醇同樣具有技術成熟、應用便捷、加注設施簡單、排放清潔等特點，是在替代能源方面都極具戰略意義的兩種醇基燃料。雖然應用性能相似，但在消 費稅方面享受的政策待遇卻完全不同。由于油價下跌，消費稅幾次上調，甲醇汽油的經濟優勢受到挑戰。業內人士呼吁國家盡快出臺燃料甲醇的相關政策保障體系， 參照燃料乙醇，為燃料甲醇推廣營造良好的環境。
全球著名咨詢機構科爾尼公司研究資料顯示，與其他國家相比，中國燃料乙醇的生產成本相對較高。目前非糧燃料乙醇的成本每噸在5000元以上，缺少經濟優勢。相比乙醇汽油，甲醇汽油的生產成本要低很多，在國家沒有投入資金另行補貼時，就已經能在市場生存。
業內人士表示，在燃料甲醇發展的幾十年中，國家曾先后出臺過對醇基燃料產業的指導性政策，但至今還缺乏醇醚燃料的產業定位政策，沒有國家的統一標準和技術規范，政策管理與產業發展嚴重脫節，而這又是支撐燃料甲醇行業能否健康發展的重要因素。
相比之下，燃料乙醇的政策環境卻十分有利。國家已出臺了對乙醇汽油推廣工作的指導性文件，并已有相關的國家技術標準、實施細則等正式規范文件。同時，為了大 力推廣乙醇汽油，國家對乙醇汽油的開發、生產、使用配套出臺了許多支持和補貼政策。而且國內燃料乙醇生產企業是由國家定點的，有高額的補貼收入，許多企業 很難進入這個生產領域，具有相對壟斷性。
同屬醇基替代新能源產品，由于消費稅征收政策的不同，兩種產品的稅負差異很大。由于油價下跌、消費稅幾次上調，嚴重沖擊了甲醇汽油的經濟優勢。
2014年10月18日上市公司中糧生化發布《關于非糧燃料乙醇稅收政策的提示性公告》稱，根據國務院批復精神，國家對中糧生物化學(安徽)股份有限公司銷售以非糧作為原料生產的燃料乙醇，實行增值稅先征后退和消費稅免稅政策。
根據現行規定，如果同按單價6.05元/升計算，1升甲醇汽油中甲醇部分的流轉環節要繳稅2.69元，1升乙醇汽油中乙醇部分的流轉環節交稅0.11元。
這樣一來，甲醇汽油所具的經濟優勢嚴重削弱。甲醇汽油消費稅的問題一直困擾著行業的發展，特別是最近兩個月內連續三次上調燃油消費稅，使甲醇汽油產業更是雪上加霜，稅收政策已成為制約甲醇汽油產業發展的首要瓶頸。
對此，業內人士建議國家免征甲醇汽油消費稅。其實，甲醇汽油產業不用國家投入資金另行補貼，只是將甲醇汽油中所含甲醇部分享受乙醇汽油中所含乙醇部分免消費稅的同等待遇，就可以促使稚嫩的甲醇燃料產業健康發展。
與此同時，在產業發展初期，甲醇燃料產業迫切需要國家明確提出產業政策，加強行業引導，規范行業行為，制定標準規則，為產業營造良好的外部發展環境和政策保障體系。
